1955年2月11日，經過深思熟慮後，黨中央決定將當時的全國六個大軍區（東北、華北、西北、華東、中南、西南）增加至十二個大軍區，即沈陽軍區、北京軍區、濟南軍區、南京軍區、廣州軍區、武漢軍區、成都軍區、昆明軍區、蘭州軍區、新疆軍區、內蒙古軍區、西藏軍區。
不久後，王新亭將軍也接到了上級通知，他將擔任濟南軍區的代理司令員兼政治委員。原來擔任這個職務的楊得誌將軍被調到了南京軍事學院學習，所以軍區的政治委員由山東省委書記舒同同誌兼任。
王新亭將軍接獲調令後，立即著手處理手頭工作，並於6月29日抵達濟南軍區上任。在任職期間，他主抓軍事方面的工作，特別是在強化海防問題上投入了大量精力。
為了完成這項艱巨任務，他多次帶領軍區領導班子四處進行實地考察，特別是對山東半島進行深入研究。 在此次考察中，王新亭將軍重點關註了山東半島的沿海防禦重點，並簡要察看了縱深內的地形。
他還積極與各地守備部隊的首長交流，了解情況。經過一段時間的調研後，他對濟南軍區的情況有了基本了解。因此，他決定以守備區為單位開會，進行全面而系統的研究。
在解決了這個問題後，王新亭將軍認識到，加強部隊自身建設，使部隊指戰員能夠迅速適應現代海防作戰的需求至關重要。
因此，他將狠抓軍事訓練作為工作重點。根據國防部和訓練總監部的指示，他多次組織軍事演習，查缺補漏，不斷提升部隊戰鬥力。
經過一段時間的艱苦訓練，軍區部隊取得了顯著成果，尤其是技術訓練方面更是成績斐然，成功改變了之前落後的情況。
王新亭在濟南軍區的工作成果備受中央軍委領導的高度贊譽。在1956年9月的黨的第八次全國代表大會上，王新亭將軍作為軍隊代表團的成員受邀參加。
在會議過程中，讓他最印象深刻的便是討論中央委員候選人名單的環節。當時，王新亭將軍也被軍隊代表團提名為八大中央委員候選人。
然而，在第一次預選後，黨中央提出要將軍隊讓出兩個名額支援地方，讓地方上的老同誌多選上兩名。這就意味著這兩個名額需要從軍隊代表團的候選人名單中去掉。
這無疑讓軍隊代表團的領導們感到頭疼。然而，王新亭將軍在得知這個訊息後，主動找到負責人並表示：「去掉我的名字，讓其他老同誌當選！
」聽到王新亭將軍的決定，負責人再次確認道：「你想好了？不後悔？」王新亭將軍堅定地回答：「不後悔！」
「不要只聽理論，還要行動起來，否則這些敵人就無法被消滅了……」
收到毛主席的這番話後，大家全都笑得前俯後仰。1958年2月，王新亭將軍收到了組織上的通知，決定調到北京高等軍事學院速成系進行學習。
聽到這個訊息後，王新亭將軍內心無比喜悅，他也想借此機會好好學習一段時間。王新亭將軍所在的速成系，學院的學員都是少將以上的高級指揮員，大家對這次學習機會都非常重視，把它當作掌握現代軍事、政治理論和先進軍事技術的鑰匙。
在這種背景下，王新亭將軍等人學習非常刻苦，對教員也非常尊重。盡管王新亭在學校中只學習了10個月左右的時間，但對他來說卻受益匪淺。
1958年年底，王新亭將軍接到了組織上的調令，前往剛剛組建的軍事科學院擔任新的職務。來到新的工作崗位，王新亭依舊保持著謙虛低調的性格，經過一段時間的了解後，便能夠將各項工作處理得井井有條。
在這個工作崗位上，也磨煉了王新亭將軍的工作能力，他多次表示：「在葉劍英元帥的領導下，我學習到了很多……」
王新亭將軍的出色表現引起了黨中央領導人的關註，經過反復討論後，他們決定將他調到總參謀部工作。王新亭將軍在副總參謀長的職位上工作了九年，期間經歷了很多挑戰，但他始終堅持自己的原則，保持本心，得到了很多老同誌的贊賞。
1972年11月，經過中央領導的批準，王新亭將軍回到了軍事科學院工作。當他見到葉帥時，他說：「我在總參工作了九年，雖然有錯誤和缺點，但我的思想沒有改變。
」葉帥聽後點了點頭，笑著說：「王新亭同誌，我們都知道每個人都有缺點和錯誤，你的表現我們也都看到了。」
王新亭在聽完葉劍英元帥的話後，深深地點了點頭，之後他全身心地投入到工作中，直到退休。
