四川連年內戰中，他時而坐山觀虎鬥，時而下山去撿便宜，但沖突爆發之前，他必先冷靜觀察，再三推敲，看準了火候才下鉗子，總是虧的少賺的多。
憑這幾手，自劉湘去世後，鄧錫侯既在暗中與劉文輝、潘文華結成三角同盟，避免蹈入川軍派系的傾軋；同時又拉攏蔣介石的親信張群，透過他理順自己與「中央」的關系，於是在川康綏靖主任的交椅上一坐就是九年，而後又接替張群當上了四川省政府主席，並於1947年2月成為國民黨陸軍上將。
但到了1948年初，人民解放戰爭的局勢日益明朗化時，侯錫侯那套左右逢源的功夫玩不轉了——蔣介石要鄧預征壯丁和軍糧支持他打內戰。
鄧錫侯則對蔣已失去信心，更怕在家鄉替老蔣搜刮炮灰，會把四川父老得罪光了，便拖著遲遲不辦。
蔣介石又氣又惱，用急電將他召去南京，劈頭就是一頓訓斥。他也自忖躲得過初一，逃不過十五，索性遞上辭呈，不料馬上得到批準，而且前來辦移交的，還恰恰是他的老對手王陵基。
盡管他這次硬起頭皮赴京前，已經打過暫時跳出圈外、靜觀時變再作去處的算盤，不過果真看透了人家安心要奪自個兒的硬把子，心裏畢竟也不是滋味。
於是「水晶」先生也罵起蔣介石來：「要撤職就撤職，何必叫王陵基到南京等著我辭職，這不是故意掃我面子嗎？」
罵過之後，鄧錫侯連四川也懶得回去，乘上京滬快車赴土海，住進了虹橋療養院。
這一邊，早有「耳報神」把鄧錫侯的牢騷和出走都密報給了蔣介石，一時還有他將去香港的謠傳。於是蔣介石忙派侍從室主任俞濟時專程跟來，當面看清鄧某人果然是在療養院裏養病，這才放心。
俞濟時走了，鄧錫侯和蔣介石之間的互相猜忌卻更深了。
這時候，已當上民盟主席的四川政界前輩張瀾也在上海，鄧錫侯便去存取他。
對於鄧在老蔣脅迫下辭職的遭遇，張瀾略加撫慰；可論及鄧目前處境和今後前途時，張瀾的話就相當透徹了：「蔣介石必垮，共產黨必勝，你在四川素孚人望，應該早點回川，團結好地方各種力量，共同迎接解放。」
三個月後，鄧錫侯的病養得差不多了，前方後方的形勢發展，也益加證實張瀾的預測無誤，鄧遂於初夏時返回四川，再找劉文輝和潘文華共籌應變之計。
不久，蔣介石因看中他手頭還有一點軍事實力，又任命他為川陜邊區綏靖主任，命其駐守漢中，協同胡宗南防守西南門戶，可他以病為辭，不肯去就職。
直到1949年4月，在蔣介石已宣布下野退居溪口的情況下、鄧錫侯才又應新任西南公署長官的張群邀請，和劉文輝、潘文華等一起接受了副長官的職務。
他這麽做有兩個目的：一是借張群的關系緩解蔣介石和王陵基的步步緊逼；二是想相機激發一些張群的家鄉觀念，要他在大局變動時盡可能不使家鄉多遭糜爛。
據鄧錫侯後來回憶：「張群對我們的動向和作法，還是有一定程度的同情。」
溫吞水慢慢燉到8、9月間，解放戰爭的重心終於轉向西南，蔣介石也親來重慶坐鎮指揮了。鄧錫侯面臨著「究竟是跑台灣，還是投向人民」的最後的選擇。
抗戰期間，他接受過周恩來，董必武等人的多次幫助，此後也盡量避免與人民武裝力量正面交火，但每每想到自己兼有封建軍閥、地主和官僚身份，還欠著曾經跟著老蔣打紅軍的舊債，共產黨果真會既往不咎嗎？
當其躊躇未決時，中共地下黨派出劉蓮波冒險來到成都，親叩鄧公館大門。
他當著鄧錫侯面，從皮鞋底中取出了黨的指示檔。雖然字跡業已模糊，但檔中將鄧錫侯列為爭取物件的意思卻相當明確，這使他頗為感奮。
接著，鄧部第九十五軍軍長黃隱的侄兒黃實，也經巫山來到成都，向鄧錫侯和黃隱傳達了劉伯承司令員和鄧小平政委的期望及具體指示，同時呈上張瀾叮囑鄧錫侯及時準備、爭取光榮起義的親筆信。
至此，慣於審時度勢的鄧錫侯，終於再一次作出了趨利避害的正確決策。
他和潘文華、劉文輝互相亮出決計起義的底牌，然後便借「整訓」為名，把所屬部隊部署到成都附近及新都、廣漢，郫縣、灌縣一帶，並以彭縣作中心，完成了投向人民的準備工作。
1949年12月初，解放軍兵臨成都，倉皇來蓉的閻錫山率先向鄧錫侯和劉文輝甩出殺手銅，要他倆先把家眷送到台灣。
跟著，與鄧錫侯私交頗厚的張群去昆明前夕，私下與其進行了交談，當確知鄧不會去台灣後，張群大有窮途日暮之感，特以自己老母親的安全為囑，鄧錫侯也只好說了些安慰的話。
7日上午，蔣介石的侍從室同時向劉文輝和鄧錫侯兩人發出下午4時約見的電話。兩人估計到此行結果，很可能就是騙上飛機強送台灣了，遂決定馬上出走。
主意拿定，鄧錫侯從成都回到門前暗探密布的家裏，拿一桿獵槍，坐上吉普車，同平常一樣，帶上副官，駛出北門。
城門崗哨只當他還有閑情打獵，讓其順利透過。孰料只此一去，便是永遠掙脫蔣介石的樊籠。
鄧錫侯在城阻廟後墳壩上等到劉文輝抵達後，立即同車開往祟義橋黃隱的防地，大有「鴻飛冥冥」之感。
三天後，劉、鄧、潘宣布起義的通電同時在彭縣和雅安兩地發出。
1956年9月，劉少奇在中共第八次全國代表大會的政治報告中，將川西與北平、綏遠、長沙、昆明並稱為「和平解放」的典範。鄧錫侯以機智脫險、毅然舉義的行動，為「君侯不愧號水晶」的評語，作了一個最光彩的例證。
1950年初，西南軍政委員會成立，鄧錫侯任委員職務。
不久，他和劉文輝等人一起去北京渴見中央政府領導，一進京門，周恩來總理就到下榻之處來看望，詳細詢問旅途情況，情意極為親切。
到了約定時間，鄧錫侯與劉文輝一起被接進中南海。會見時，毛主席，朱總司令、周總理等全到場。
毛主席依次詢問他們在辛亥革命時的情況，又幽默地說：「你們都在當官或準備當官。當時我也參了軍，不過我是在當兵。」說畢大笑不已，馬上使他們在不知不覺中消失了拘束感。
毛主席和他們暢談【共同綱領】和解放後的氣象，又請他們吃飯。
此後，鄧錫侯歷任西南水利部長、西南行政委員會副主席、四川省副省長、國防委員會委員等職，還被選為第一、二、三屆全國人民代表大會代表。1955年，他和劉文輝一起榮獲一級解放勛章。
1964年3月30日，鄧錫侯因病在成都去世，終年75歲。
