1913年6月9日，袁世凱在做好了政治、軍事準備以後，指責李烈鈞「不稱厥職」，「不孚眾望」，悍然下令罷免李的江西都督職務，任命黎元洪兼領江西都督，任命歐陽武為江西護軍使，賀國昌為護理民政長，陳廷訓為江西要塞司令官。歐陽和陳都是李烈鈞的重要部將，袁世凱利用他們來穩住江西，作為控制江西的過渡，企圖用政治手段來瓦解革命黨人。
李烈鈞，原名烈訓，字協和，別號俠黃，江西武寧縣人，1902年入江西武備學堂學習，1904年被選送日本學習陸軍，1907年經張繼等人介紹加入同盟會。1908年回國後，先後在贛、滇任職。武昌起義後，他回到九江被推為江西都督府總參謀長。後率艦隊西上援鄂，任蘇、皖、粵、鄂、贛五省聯軍總司令。李烈鈞出任江西都督後，堅持革命立場，與袁世凱進行了堅決的鬥爭，被譽為民黨急先鋒。李烈鈞被罷免，就成了二次革命的導火線。
袁世凱對革命黨人地方實權的剝奪，迫使革命黨人不得不作出最後的抉擇：是隱忍待時呢，還是背水一戰？盡管局勢已經十分明朗，革命黨人在做出最後抉擇時仍然經歷了一段痛苦的搖擺過程。
當時，孫中山義憤填膺，竭力主戰。他派南下參加討袁的參議院議長張繼及馬君武、邵元沖、白逾桓四人到贛，動員李烈鈞聲罪討袁。但這時李烈鈞鑒於他的同盟反袁的主張久久得不到響應，因而顧慮重重，打起了退堂鼓。法律解決的思潮，磨損了李烈鈞的戰鬥意誌。
還在免職令下達以前，李烈鈞在和鄧漢祥的一次談話中就對形勢作了悲觀的估計。據鄧的回憶說：「我到江西見到李烈鈞後，就問他反袁的結果會如何？李說：‘一定打仗！’我問：‘打仗勝負如何？’李說：‘國民黨一定失敗……’」免職令下後，李烈鈞召集部下開會，商討對策。贛中將領紛紛主戰，但第二師師長劉世均表示堅決反對。當時正在江西的趙正平獻議，「不如先行電詢湘、皖、閩、粵諸省，再行決定」。趙去電後，「不一日而復電都來。湘譚（延闿）主張我從眾，皖柏（文蔚）主張不如大家撒手，粵胡（漢民）且言我不久到滬，可在滬相見，閩孫（道仁）也含糊。這樣一來，李氏就決定下野，自己且準備些款項，擬帶一群英俊青年，分赴東西洋留學」。6月15日，李烈鈞卸職離開南昌前往上海。他在路過湖口時，九江一線的軍官們也向他建議即時討袁，但李烈鈞說：「外面局勢實在弄不清楚，到上海後再和孫、黃諸要人商議，並詢各省意見，再行發動。」並說：「如現時不發動，我定電知你們，大家到外國觀察一時，將來總有事做。」當李經安慶與柏文蔚會商，然後於6月19日到達上海時，孫中山已離滬赴澳門。李草率卸職離贛，遭到滬上黨人的責難，盡管他還在猶豫，已不得不放棄出洋的打算。
就在李烈鈞離開南昌的當天，歐陽武即致電黎元洪，表示擁護中央。他說：「武誓矢血誠，擁護中央，保衛地方，鞠躬盡瘁，至死靡他」，旋即就任江西護軍使，並根據黎元洪的要求，代理江西都督。6月18日，歐陽武從九江啟程赴南昌，路經湖口時，撤換了反袁比較堅決的水巡總監蔡銳霆，19日到達南昌，翌日即接管都督印信，履行職權。第二師師長劉世均旋由南昌調赴九江。歐陽上任後，立即著手破壞李烈鈞的備戰體制，下令「取消軍政司，裁撤總務廳，停止征兵，解散兵站」，並將前沿部隊撤回江西腹地。這是李烈鈞輕易離開江西所造成的惡果。與此同時，為穩定江西局勢，黎元洪表示「可擔任鄂軍不入贛境一步」。
在李烈鈞離贛的前一天，即6月14日，袁世凱又以調任的方式，撤去胡漢民的廣東都督職務，任命陳貽範（原上海通商交涉使，參與釋出宋案證據）、胡漢民為西藏宣撫使，任命陳炯明為廣東都督，陳昭常（原吉林都督）為廣東民政長。胡漢民於16日通電接受新任。
當時，革命黨中樞曾兩次電請陳炯明出師「抵抗命令」。但陳炯明召集諸將開會討論出師時，遭到粵中將校的反對。汪精衛這時正從上海趕到廣州，他對胡漢民、陳炯明之間的矛盾進行了調解，商定了胡、陳接退的辦法。三人又聯名密電黃興，明白表示一致討袁，請黃專力主持長江軍事。胡、陳在聯名致鄒魯的電報中也表示：「這次更接，不特於大局無礙，而且有益。」
不過，當時的廣東局勢還是很微妙的。革命黨人指望陳炯明的權力欲望得到滿足以後能起兵討袁，而廣東高級軍官們則希望擁陳上台後一起傾向袁世凱。雙方都希望陳炯明早日接任都督。陳處此局面，覺得「接也難，不接也難」。他既害怕起兵失敗，又害怕為袁利用，下不了最後的決心，遲遲不肯接任。他在6月16日曾向袁世凱提出了很高的要價：「（一）中央政府須即匯款二千萬元，以為收回地方紙幣之用；（二）不得任命政府私人為粵省護軍使及民政長，從中牽制一切；（三）如政府為一時權宜計，暫以炯明充粵督，則不如速去。」如此高價，袁世凱當然難以接受。
6月20日，孫中山抵達香港、澳門，22日，胡漢民偕汪精衛乘寶璧兵輪離粵赴港。孫中山遂約見陳炯明。陳為避嫌疑，以巡視為名，乘軍艦與孫會面。孫中山終於「征得陳炯明對四省獨立，廣東同時宣布的同意」。7月4日，陳接都督任，著手調集軍隊，準備獨立。
贛、粵兩督的罷免，使革命黨內武力討袁的輿論逐漸占據了主要地位。黃興為大勢所逼，開始著手規劃倒袁的實際部署。他把行動的方向，首先定在湖北。
湖北革命黨人自辛亥革命後，備受袁、黎的壓迫和摧殘，他們一批一批地覺醒起來，相繼走上反抗袁、黎壓迫，舉行武裝暴動的道路。但是，由於他們覺悟有遲早，被黎元洪逐次各個擊破，革命軍隊也被黎遣散殆盡，而北軍已經重兵入鄂，革命黨人不再像辛亥年那樣有力量了。然而，他們在策動黎元洪中立失敗之後，還想抄襲辛亥年的老文章，希望在湖北首先發動，掃除湘、贛出師的障礙。湖北著名革命黨人詹大悲、王憲章、季雨霖、王華國、熊炳坤等在黃興支持下，紛紛回鄂運動，前軍務司長蔡濟民也密謀內應。黃興又續派寧調元、熊樾山前往聯絡，敦促起義。
正當湖北革命黨人廣泛聯絡，準備起兵之際，先前發動上海制造局之役的柳人環、文仲達、盧漢生在李烈鈞離贛後被解赴湖北，並於6月23日乘京漢火車轉解北京。途中，文仲達變節招供：「機關在上海麥根路三十二號〈B〉。其派來湖北運動軍隊，並列暗殺之人為劉敦榘，年二十三歲，湖南人，機關在漢口【民國日報】館。」黎的探訪人員中途回鄂作了緊急報告。24日，黎元洪飭令軍警會同法租界巡捕查封【民國日報】館，搜獲文電布告多件，逮捕曾毅等四名報館編輯。
負責起義全域的詹大悲，看到機關被破，心急如火，命令起義部隊於25日夜於南湖集合暴動。但是，由於各處機關陸續被破壞，聯絡指揮人員被捕，沒有發動就流產了。翌日，寧調元、熊樾山因疏於防範，在漢口德租界日本人所開富貴館被黎的軍警會同德租界巡捕逮捕(146)。是日晚，詹大悲再次魯莽發動，到處派人縱火，但依然一事無成。僅駐紮天門、潛江一帶的原季雨霖舊部章裕昆一營於25日夜如期響應，舉行起義，旋亦因孤立無援而潰散了。事後，黎元洪大肆搜捕、屠殺。詹大悲等在武漢立腳不住，在日本人掩護下，乘日輪嶽陽丸逃往下遊。經這次失敗，湖北革命黨人被摧殘殆盡。
6月底，孫中山由香港回到上海。這時候，各省的空氣依然相當沈悶。李烈鈞滯留滬上，陳炯明遲遲未上任，革命黨的一些帶兵將領還在希望保存實力。尤其是南京第八師，作為革命黨人的精銳部隊，師旅長們借口中下級軍官不能一致，依然不贊成出兵討袁。孫中山對於黨內這種渙散的狀況非常氣憤，他在上海召集軍事會議，力促陳其美在上海獨立，章梓在南京倡義，又派朱卓文前往南京運動第八師的營連長贊成起兵。但是，誰也不敢先發。於是，孫中山、黃興又宴請李烈鈞，動員江西起兵發難。席間，李「意氣自豪，謂各省如能響應，贛事尚可為。中山極力慫恿，並以南京情形告之，李遂告奮勇」。當時，恰巧江西第一旅旅長林虎派團長李思廣到上海尋找李烈鈞探聽訊息。李思廣向李以及在上海的革命黨人匯報了江西軍隊士氣旺盛、鬥誌高昂的情況，李烈鈞終於下了首先發難的決心。他令李思廣趕速回報：「皖、寧、湘、粵均倚戈待命，若吾贛發難，一星期間各省即可響應，並出援軍。」並密電贛中將領速作起兵準備。
當革命黨人為發動二次革命奔忙之際，袁世凱也在積極搶占先機。7月2日，江西要塞司令官陳廷訓向袁世凱密報：「九江、湖口為長江要沖，匪黨往來如織，防不勝防。近聞煽惑上下六台，克期舉事，台官中竟有為其所動者。」這個叛將竟要求袁世凱商請黎元洪派遣軍隊和軍艦前往九江鎮懾。4日，黎元洪違背信約，電告袁世凱「擬援纓冠往救之義，迅飭李總司令（指李純）酌派軍隊馳往赴援」，支持北軍強行入贛。5日，參、陸兩部向李純轉達袁世凱命令：「嚴行戒備，一聞有警，立即馳援。」並告李已電黎派兵，「並飭徐司令親率各艦先駛至潯駐守，以防意外」。事實上，李純未待袁的命令到達，已根據黎的指令，於5日派遣十二旅吳鴻昌的二十三團附機關槍一連先行赴潯，6日又親率第十一混成旅繼進，並於8日抵達九江，輕易占領了入贛的戰略要地。
當北洋軍隊前鋒到達九江地區後，林虎於6日向南昌屢電告急，並宣布「本團現已實行防禦」。他扣留了由德安開往九江的火車，將前哨布防到沙河一線。是日，歐陽武感到為人愚弄，遂致電國務院抗議派兵入贛，並向袁世凱電請辭職，並要求袁致電黎元洪「速將軍隊調回」。由於歐陽武連電黎元洪擔保江西局勢平靜，要求履行北軍不入贛境的諾言，黎曾一度電令李純撤兵。但李純不聽，並親率一團進駐九江城內，前鋒更於10日推進到沙河一線，離林虎所部僅數裏之地。南北兩軍虎視眈眈，戰事一觸即發。
在北軍進兵江西的同時，袁世凱借口徐企文案，一再向程德全交涉，堅持派兵南下進駐上海制造局。7月6日，北洋第四師臧致平團偽裝成海軍警衛隊（共三營，約一千三百余人），由海軍中將鄭汝成率領，乘招商局新昌、安平兩輪抵滬，入據制造局軍械重地。當北軍未登陸前，陳其美建議邀擊於海上，孫中山表示贊成，但黃興認為不妥，因而沒有攔截，讓北軍安然上岸，在南方腹地插進了一把尖利的匕首。
盡管決戰即將來臨，革命黨人依然沒有統一的作戰計劃，沒有統一的指揮，步調十分淩亂。本來，贛、皖結成了反袁的聯盟，但這時柏文蔚認為大勢已去，意誌非常消沈。6月30日，袁世凱任命柏文蔚為陜甘籌邊使，解除了他的安徽都督職務，同時任命孫多森為安徽民政長兼署安徽都督。柏拒絕了新任，但表示「文蔚交卸，即日歸省（省親）」。安徽革命黨人要求即時舉義，柏沒有同意，也沒有到上海參加軍事會議。上海革命黨人指派龔振鵬回安徽策動反袁。7月6日，孫多森到安慶上任，安徽革命黨人管鵬、陳紫楓運動胡萬泰部排長彭尚述企圖暗殺孫，但被胡捕獲。當時，李烈鈞正從上海經南京返贛準備起義，但他沒有去聯絡柏文蔚合作反袁。8日孫多森在胡萬泰的保護下安然接任。柏文蔚竟在臨戰之際，於7月10日乘建威兵輪由安慶赴南京，「閉門謝客，藉以休息」。
7月8日，即李純到達九江的那天，李烈鈞也悄然抵達湖口，部署起兵事宜。然而，他在湖口無法掌握他的基幹部隊。他的有戰鬥力的老部隊，即一師二旅三團當時被分割部署在九江（二個營）、南昌兩地，而且被敵牽制，無法運動，因而他只能以九、十兩團為基幹力量。九團為戈克安舊部，十團由湖口炮台兵改組而成，戰鬥力可想而知。李又調集輜重、工程兩營，以湖口為基地，設立討袁軍司令部。9日晚，李烈鈞電告歐陽武及江西各機關，「鄙人免官赴滬養屙，忽聞北軍入贛，憤不欲生，現已回贛效力。」歐陽竟嚴詞答復李烈鈞：「此間皆不主戰，請君速速返滬。否則，武即會同北軍夾攻湖口。」並派代表三人赴湖口勸李烈鈞離境。李對代表說：「烈鈞亦知南雷（歐陽武字南雷）素主和平，但烈鈞已到此，決無返滬之理。請為南雷言，好則回頭見，否則來生見可也。」李烈鈞以生死的抉擇示意歐陽不得阻撓起義。
11日，李純得到陳廷訓的當面緊急報告，得悉李烈鈞已經占領湖口。十一混成旅旅長馬繼增也急報林虎正向九江開進，要求透過北軍防地。於是，李純向京、鄂急電請援，袁世凱遂命黎元洪調撥海陸各軍迅速赴潯增援，令歐陽武「嚴束所部，勿受亂徒指揮」。歐陽武在南昌得悉李烈鈞已執意起兵討袁，企圖調集兩團兵力進攻湖口。但這時他已經指揮不動軍隊了，他的部下原是李烈鈞舊部，支持革命。江西革命黨骨幹分子俞應麓（在上年李烈鈞病假期間曾代理過都督職權）控制了南昌的局面，國民黨掌握的省議會，更一向主張激進。於是，歐陽於11日晚上召集民政長、各司司長、都督府顧問、各報館主筆、各公團各黨派領袖開會，宣布自己已無調遣軍隊的能力，表示從此辭職，但因大家要他維持南昌秩序，才勉強留下下來。
同日，李烈鈞對軍事作了部署，密電委任林虎為討袁軍左翼司令，指揮一、二、七團攻擊沙河、十裏鋪一線北軍，任命方聲濤為右翼司令，指揮三、九、十團攻擊九江城南金雞坡炮台北軍，任命何子奇為湖口守備司令。當日晚，林虎向所部下達了攻擊令。12日拂曉，林虎所部前衛司令唐天鵬向沙河北軍側翼發起猛攻，林軍另一支向十裏鋪前進，企圖包抄敵軍。醞釀已久、幾度瀕於流產的二次革命戰爭終於打響了。
