根據新舊唐書的記載，李世民登基後，由於弒兄殺侄之事，他常常在夜裏做噩夢。每當醒來，他總是聽到臥室外有拋磚擲瓦的聲音和鬼魅的呼叫，這使得後宮夜夜不得安寧。
他深感恐懼，於是將此事告知了君臣。秦瓊說：「臣身經百戰，殺敵如同切瓜，收屍猶如聚蟻，何懼鬼魅？臣願與敬德一道披甲執銳，把守宮門。」李世民同意了，果然當晚平安無事。從此以後，二人每夜輪流守衛。後來，李世民覺得他們辛苦，於是命令畫工在寢殿門口畫下二人的全身像，自此邪祟再也沒有出現。
這就是門神的起源，時至今日，民間貼在門上的門神依然是秦瓊和尉遲恭的形象。
在小說的演繹中，秦瓊的形象顯得尤為高大。盡管他在隋唐十八條好漢中僅排第十六位，但除了虛構的人物如李元霸、宇文成都、熊闊海外，秦瓊在演義中的表現無疑更為突出。諸如「馬踏黃河兩岸，鐧打三州六府，威震山東半邊天」、神拳太保、小孟嘗、兵馬大元帥等一系列稱號，以及他為單雄信「肋插刀」的英勇表現，使他遠遠超越了其他好漢。
秦瓊無疑是隋唐歷史上最受歡迎的武將。然而，最令人郁悶的是，秦瓊不僅在淩煙閣功臣榜上名列末尾，而且歷代武廟中也未見其蹤影，甚至在【十七史百將傳】中也沒有收錄他。為什麽秦瓊會如此不受歡迎呢？秦瓊在淩煙閣中的排名引發了廣泛討論，原因也十分明顯，那就是他並未參與玄武門之變。
在事變發生之前，秦瓊已經擔任了上柱國、翼國公，並且是秦王府右三統軍，其地位在尉遲恭之上。然而，事變後，秦瓊被封為左武衛大將軍，食實封七百戶，這一榮譽遠不及尉遲恭的吳國公、右武侯大將軍以及食實封一千三百戶。後來，李世民封賞「淩煙閣二十四功臣」，尉遲恭位列第七，成為武將中排名最高者，甚至超過了李靖和李勣。
不得不承認，這其中存在李世民的個人因素。關於武廟，秦瓊的能力和地位使他處於入廟與否的兩難境地。唐朝入選武廟的名將總共有13位，創下了歷代最多的記錄。他們是：李靖、李勣、郭子儀、李孝恭、尉遲敬德、蘇定方、裴行儉、王孝傑、張仁亶、王晙、郭元振、李光弼和李晟。
其中兩人是武廟十哲中的頂尖人物，李靖和李勣作為唐初的絕代雙驕，實力之強毋庸置疑。
兩人都屬第二等。郭子儀對唐朝有再造之恩，功勛卓著，功德圓滿。李孝恭作為方面軍統帥也立下了赫赫戰功，比如在南平蕭銑之戰中表現出色。然而，他經常有李靖和李績的輔佐，因此很難明確歸功於他一人。
9人中位列第三等的是尉遲敬德，他以忠勇著稱，並曾擔任方面軍主帥。蘇定方則是唐朝版圖達到巔峰的關鍵人物，他前後滅掉了三個國家，均俘獲了其君主。裴行儉文武雙全，不僅具有將才，還取得了實質性的戰績。王孝傑在征討吐蕃時表現出色，但在與突厥和契丹的交戰中遭遇了慘敗。張仁願、王晙和郭元振均是才智兼備的將領，盡管他們的成就並不突出，但在當時國運昌盛的背景下，他們自然不乏自信。李光弼作為平安史之亂中的傑出將領，其軍事才能甚至超越了郭子儀。而李晟在平定朱泚叛亂中展現了非凡的勇謀，堪稱唐朝後期的名將之星。
實際上，秦瓊曾短暫地被納入武廟。963年，趙匡胤參拜武廟時，巡視了兩廊的名將像，以手杖指向白起，質問道：「白起雖然曾屠戮敵將，但實在不算武將，為何要讓他享受這一殊榮？」於是，他下令將白起移除。然而，這一舉動引發了連鎖反應，左拾遺高錫上書建議由於王僧辯「不克善終」，不應在配享之列，趙匡胤同意了這一提議。其他朝臣也紛紛上書推薦他們心目中的古代名將，趙匡胤最終指示吏部尚書張昭和工部尚書竇儀重新審定武廟成員，這樣便進行了一次大規模的調整。
最終，趙匡胤批準將二十三人晉升至武廟，並將原武廟中的二十二人剔除。其中，秦瓊是被晉升到武廟的成員之一。
此次武廟名單的大變更被後人稱為「重德輕功」。除了秦瓊之外，還有周訪、李崇、段韶、李弼等鮮為人知的人物入選。而被排除在外的不僅有白起，還有吳起、廉頗、韓信、孫臏這些赫赫有名的戰將。難怪宋初文學家梁周翰感嘆道：「凡名將悉皆人雄，茍欲指瑕，誰當無累！」
在統治者看來，秦瓊之所以能被選入武廟，完全是因為他的「功業無瑕」，而僅憑他的個人功績則不足以使他獲得這個榮譽。武廟的門檻確實較高，但【十七史百將傳】中竟然沒有秦瓊的記載，這讓我們感到有些困惑。【百將傳】由北宋學者張預歷經數年編撰而成，內容涉及中國古代眾多名將的生平事跡。盡管這部作品並非正史，但它的資料來源卻是十七史等權威史書，因此得到了後世廣泛認可，並對許多名將傳記產生了深遠影響。
【百將傳】中記錄的大唐名將最多，共有二十一位。除了武廟中列舉的十三位，還增加了唐休璟、李抱真、馬燧、渾瑊，以及薛仁貴、李嗣業、李愬、程咬金等七位。
由於我們發現了唐休璟、李抱真、李愬等鮮為人知的歷史人物，這迫使我們重新審視正史中有關秦瓊的事跡。史料中記載的秦瓊事跡遠不如我們想象中的豐富。秦瓊，齊州歷城人，起初在隋朝將領來護兒的手下工作，受到對方的極大寵愛。秦瓊的母親去世後，來護兒特意派人送來衣物以示吊唁。
後來，秦瓊隨張須陀征討盧明月時，由於隋軍兵力不足，只能守城不敢出擊。待到糧草耗盡，張須陀計劃引兵撤退，但擔心敵軍會追擊，他打算派精銳士兵突襲敵軍營寨，爭取先勝一局，以確保安全撤退。然而，眾將都不願意執行這一任務，最終只有秦瓊和羅士信自願前往。秦羅二人率領一千名士兵攻擊敵營，擊殺了數十人，焚毀了三十多個屯點，敵營因此陷入混亂。張須陀乘機出擊，成功擊敗了盧明月。隨後，張須陀與孫宣雅在海曲展開激戰，秦瓊第一個登上城樓，因此被封為建節尉。
張須陀去世後，秦瓊先是歸順了裴仁基，隨後又跟隨裴仁基投降了李密。史書記載，李密因得到了叔寶的歸順而欣喜異常，視其如同賬下的驃騎，將其待遇極為優厚。在宇文化及的黎陽之戰中，李密在戰鬥中受了箭傷，險些隕落，幸虧秦瓊奮勇殺出重圍，才成功挽救了李密的性命。
瓦崗軍覆滅後，歸順了王世充，並被授封為龍驤大將軍。然而，秦瓊卻認為王世充不具備帝王之才，於是與程咬金一同在兩軍陣前投降唐朝。
降唐後，秦瓊一直在秦王府任職，李世民對他十分優待，並授予他馬軍總管的職務。接下來便是聲名顯赫的美良川之戰。美良川之戰是李世民領導唐軍平定天下過程中的一場重要戰役，屬於柏壁之戰的一部份。在此戰之前，劉武周勢不可擋地一路南下，重創李元吉部，攻陷了李唐的老巢河東和並州，並且斬殺了永安王李孝基。
於是，李世民親自率領秦瓊、程咬金等人前往抵禦敵人。唐軍在柏壁安營紮寨。尉遲敬德在夏縣擊敗唐軍後，退回澮州。李世民派遣兵部尚書殷開山和總管秦叔寶與敬德在美良川展開交戰，經過激烈的戰鬥，敬德的軍隊遭遇慘敗，陣亡超過2000人。
關於這場戰役的結果，有兩種說法。正史記載中，秦瓊大敗尉遲恭，尉遲恭退守永安。然而，尉遲恭的投降並非秦瓊所促成，而是李世民派遣李道宗和宇文士及進入城中勸降，尉遲恭才將介休和永安兩座城池獻降唐朝。
還有一種說法是，秦瓊曾活捉尉遲恭。據【秦另一種說法是秦瓊曾活捉尉遲恭，這個記載出自【秦懷道墓誌銘】，其中寫道：「祖叔寶，隋龍驤將軍，從高祖神堯帝擒尉遲敬德，拜上柱國」。
由於尉遲恭的親家公許敬宗的影響，許多人認為這方墓誌銘更具可信性。然而，也有人對此提出了質疑。例如，有人認為這可能是秦瓊的後代的誇張之詞，因為秦瓊的孫子秦景倩最高只擔任過「山陰縣令」這樣的低階官職，用以提升自己的身份。此外，還有人指出，秦景倩委托撰寫的墓誌銘中，應該稱呼秦瓊為「考」，而非「祖」，連輩分都搞錯了，因此對墓誌銘的真實性提出了懷疑。
無論如何，美良川之戰對李唐的重大意義無可否認。這場戰役扭轉了唐軍連連敗北的局面，為柏壁之戰的勝利奠定了基礎。戰後，秦瓊被封為上柱國，李淵親自賜予象征榮譽的黃金瓶，並說：「如果我的肉可以食用，我願割下來給你吃，更何況子女和玉帛呢？」
在接下來的幾年中，秦瓊跟隨李世民南征北戰。據史書記載，李世民每次出戰，遇到敵將炫耀威風以鼓舞士氣時，總是命令秦瓊前去迎戰。秦瓊則躍馬持槍，沖入萬軍之中，所向披靡，未嘗有失。
盡管秦瓊常常擔任先鋒，但他卻從未有過獨立指揮的機會。李世民當時挑選了一支由千余名精銳騎兵組成的部隊，命令他們身著黑衣玄甲，稱之為玄甲騎兵。這支部隊被分為四個小隊，由秦瓊、程知節、尉遲恭和翟長孫四人各自指揮。作戰時，李世民親內建領這支部隊作為前鋒，因此秦瓊作為獨立作戰單位時，所帶領的隊伍僅有二三百人，盡管這些人都是精銳中的精銳。
李世民相當於把他當作特種部隊小隊的隊長來使用。
李世民登基之後，秦瓊便上書聲稱自己身體不適，選擇了半隱退的生活。正如他所言，「我自少時便歷經戰亂，參與了二百多場戰鬥，屢次受創，流血量巨大，豈能不生病？」在貞觀十二年，秦瓊因病去世。
這便是關於秦瓊的全部記載。回顧他的一生，雖然勇猛無比，但作為將領卻鮮有卓越的戰績，也未曾有獨當一面的功勛。他最著名的一戰是美良川之戰，當時的總指揮是李世民，方面軍統帥是殷開山，而秦瓊只是其中的一名勇士。
盡管李淵清楚這項任務是由秦瓊完成的，但功勞卻只能歸於殷開山。盡管普通士兵也有可能被評為特級戰鬥英雄，但最終獲益最多的依然是他們的上級指揮官。
李淵對此感到非常內疚，因此寫了一封信，表示願意將自己身上的肉割下來送給秦瓊。這樣既是為了安撫人心，也是一種對秦瓊的額外補償。
【十七史百將傳】的編寫遵循了一個重要原則，即依據【孫子兵法】的思想來進行。所收錄的名將幾乎都是曾經擔任過一方統帥並參與過重要戰役的人物。因此，這部作品實際上評判的並非只是將領，而是那些曾經擔任過統帥職務的將領。
例如，尉遲恭曾作為劉武周的前線指揮官，打得李唐軍隊潰不成軍，李孝基、獨孤懷恩、於筠、唐儉都曾被他俘虜。在渭水之盟前，突厥軍隊兵臨城下，李世民面臨無帥可用的困境，李靖和李勣都不在身邊。於是，李世民任命尉遲恭為涇州道行軍總管，派他前往涇陽前線組織反攻。最終，尉遲恭成功生擒敵將阿史德烏沒啜，並擊斃一千多名突厥騎兵。盡管他未能完全阻止突厥主力進抵渭水，但他成功地阻擋了突厥的後續部隊，使頡利無法全力進攻。
此外，美良川之戰是一場遭遇戰，盡管秦瓊勇敢無畏，但卻沒有任何戰略戰術可言。
總體而言，秦瓊一生未曾擔任過一方主帥，且唯一的著名戰役也沒有什麽值得稱道的戰略戰術。盡管秦瓊作為武將深受人們喜愛，但如同三國時期的趙雲一樣，他大多數時間都充當李世民的親衛。因此，他未能入選武廟和百將傳也在情理之中。
秦瓊並非不被重視，只是由於他的功績尚未達到武廟和百將傳所要求的標準。
