1945年，第五軍仍在昆明，隸屬昆明防守司令部，其實還在杜聿明指揮之下。
軍部除原有的汽車隊、裝甲車連以外，還有105mm口徑榴彈炮營（汽車牽引12門）、工程營；各師有75mm口徑山炮營（炮12門）、工兵營、搜尋連、汽車排等；各團有戰防炮連（炮6門）、82mm迫擊炮連；各營有60mm迫擊炮、美式衝鋒槍等。
1947年第五軍增設戰車一個營、汽車一個營、重迫擊炮（42mm口徑）一個連，各師還配有噴火器連，每連有噴火器6至8具。
抗戰勝利不久，杜聿明調任東北保安司令長官，而第五軍隸屬鄭州綏靖公署，下轄第四十五、第九十六、第二○○師。
全是美械裝備，全軍約四萬人，號稱國民黨軍五大主力之一。為了與解放軍爭奪中原，蔣介石將第五軍這枚最重要的棋子部署在中原。
該軍在北進途中，在湖北地區奉命改隸徐州綏靖公署。邱清泉自視甚高，認為解放軍「逢五不戰」，即遇到第五軍就逃避不戰。
第五軍作為蔣介石最有威懾力的部隊之一，它的作用並不在於打了什麽非常出名的戰役，或給解放軍造成了多麽巨大的損失，而是它的機動性和快速化以及清一色的美式裝備，使其縱橫馳騁於華野和中野兩大戰場之間，無所顧忌。
1946年7月中旬，蘇中戰役打響了。華中解放軍在粟裕指揮下包圍了泰興、宣家堡。
正當解放軍猛攻泰、宣之際，邱清泉以攻取天長、盱眙，解除南京威脅為目的，率第五軍從浦鎮地區沿六合至天長的公路向北，以第四十五師攻擊天長，以第九十六師進攻盱眙，對淮南解放區發起進攻，企圖全殲解放軍主力於洪澤湖以南地區。
中共的最高統帥部、華東野戰軍和中原野戰軍往往根據第五軍的位置而進行戰役部署，甚至因為第五軍而修改大的戰略方針。
毛澤東和他的戰將們把第五軍視為心腹大患。在許多重要的作戰電文中，多次提出要動用10個縱隊以上的兵力，消滅第五軍。
在國共內戰之初，在中原戰場上，邱清泉的第五軍和張靈甫的整編第七十四師和胡璉的整編第十一師作為蔣介石的三把利劍，在有重大戰役時，遙相呼應，互相配合。
第五軍忽而與整編第七十四師並肩，奪取兩淮；忽而與整編第十一師配合，對解放軍構成巨大的威脅。
1946年9月下旬，國民黨軍兩支王牌主力整編第七十四師和第五軍並肩由魯西南菏澤向巨野方向的晉魯豫解放區發起進攻，企圖打通菏澤到濟寧的公路線。
劉伯承說：「邱清泉自稱邱老虎，大言不慚，說什麽解放軍‘逢五不戰’這次，我非要摸摸這只老虎屁股！」
他親自排兵布陣，指揮晉冀魯豫野戰軍三縱陳錫聯、六縱王宏坤、七縱楊勇等部隊在龍固集、張鳳集一帶進行運動防禦。
10月3日，兩部份別推進到巨野以南的張鳳集和巨野以西的龍固集。
是夜，進駐張鳳集的胡璉的整編第十一師受到晉冀魯豫野戰軍三個縱隊的猛烈攻擊，守軍也不含糊，防守相當頑強，惡戰兩晝夜，戰場呈膠著狀態。
激戰至7日上午，解放軍攻入張風集，殲整編十一師第十一旅一個團和特種兵分隊。
與此同時，邱清泉接到胡璉的告急，竟用明語告之：「伯玉，少安毋躁，我來也！」他命令所部立即向張鳳集靠攏。
邱清泉欺負劉伯承沒有重火器，將美式榴彈炮、山炮和坦克統統調到第一線，冷笑著說：「這些對付日本人的大餐，今天就要叫你劉伯承嘗嘗！」
攻擊開始了，在山呼海嘯般的炮火中，第二縱陳再道的陣地一片火海。待第五軍步兵沖上陣地時，藏在戰壕中的解放軍突然吶喊殺出。
第五軍沒料到在如此猛烈的炮火下居然還有活人，雙方短兵相接，士兵們廝打在一起，槍托砸、刺刀拼，拳打腳踢，最原始的方法都使盡了。
解放軍頑強作戰，第五軍終於撐不住了，向後撤退。一連幾天，攻擊無效。在龍固集的二縱頑強阻擊第五軍一次次瘋狂的進攻，雙方大戰十一天。
7日下午，整編第十一師向西南退縮，終於與第五軍靠攏，形成合力，給解放軍以沈重打擊。
在此形勢下，解放軍於當夜撤出戰鬥。據解放軍的戰報，此役共斃傷國民黨軍5000余人，解放軍傷亡4300余人。此戰給雙方都留下了深刻印象。
之後，邱清泉將自己在戰鬥中總結的【戰勝劉伯承之秘訣】發給其部隊。這些「秘訣」是：
一、劉伯承一定經過摸清我們的兵力陣地才來打，所以我們要打他的先頭部隊，叫他摸不準；
二、劉伯承要有五倍於我們的兵力才來打，所以我們要碰上就打，叫他無法集中，始終處於劣勢；
三、劉伯承要達成袋形夾擊態勢才來打，所以我們要反包圍夾擊他的一翼，叫他只有敗逃；
四、劉伯承怕我們大隊伍，想吃我們小部隊，所以我們要用小部隊釣魚，用大部隊吃魚；
五、劉伯承缺少彈藥，無法持久，所以我們要先用炮火搜尋，後用沖鋒突擊，必定勝利；
六、劉伯承要布置地形，埋伏襲擊，所以我們要搜尋敵情，偵察地形，分區、分幾個到達戰線，運動與掩護速擊，就可以粉碎他的陰謀了。
1947年6月底和7月，中野強渡黃河，發起魯西南戰役，拉開了戰略進攻的序幕。老蔣的部隊在戰略上失去主動，全面進攻、重點進攻和全面防禦均遭失敗。
蔣介石為了改變戰略被動，在1948年年初，采取了堅守東北、力爭華北、集中力量加強中原防禦的戰略部署，由全面防禦改為分區防禦。
在中原戰場，國民黨軍仍占有優勢，計有24個整編師，共79個旅，除配屬給中原八個綏靖區擔任點線防禦外，還能集中較大的機動兵力，在各要點之間往返馳援，並對解放軍進行戰術性進攻。
國民黨軍戰略部署的重點，是企圖讓中野無法在大別山區立足；同時防止華野南渡長江或西進，以確保南京和武漢的安全。
